眼精疲労やドライアイを出来るだけ防ぎたいのであれば、コンタクトを使わない方が良いでしょう。
というのは、コンタクトはメガネよりも眼に負担をかけますので、眼精疲労やドライアイなどになりやすくなるからです。

例えば、コンタクトをつけた状態でパソコンを長時間使い続けていると、角膜の知覚機能が低下して、涙腺から涙の出る量が減る可能性があります。
涙の分泌量が減ってしまいますので眼が乾きやすくなります。

また、パソコンに集中していると、瞬きの回数が非常に少なくなりがちです。
すると当然眼が乾きやすくなってしまいます。
したがって、ドライアイを引き起こす可能性が高くなるのです。

いずれにせよ、コンタクトレンズを装着することは、角膜へのストレスとなります
コンタクトを使うのであれば、眼科医の注意をよく守り、処方された目薬などで目を守るようにしましょう。

少しでも眼の調子が悪いと感じたら、コンタクトを使わないようにした方が良いかも知れません。
眼病を予防するために、定期的に眼科で検診を受けるようにしましょう。

蛇足ですが、安価なコンタクトレンズには目に良くないものがありますので、使わないようにしましょう。